Суть в том, что гномощель сама по себе тормозная, так еще и на гтк3. -march=native и -mtune=native оптимизирующие флаг компилятора. -march на самом деле можно оставить как есть, если у тебя i686 то шо -march=i686, шо -march=native те же яйца, только в профиль. А вот -mtune=native это оптимизация под твой процессор. То есть скомпилировав c -mtune=generic он будет выполняться на разных процессорах, лишь бы архитектура была одна. Так собирают когда надо отдать один пакет на разные тачки - так собирают в репозитории. Но ты не жди большого прироста производительности, на самом деле). 2-3% на дебиане, на генте можно разогнать до +10%.

А вообще, я бы на твоем месте поставил арчик.