Файлы созданные через into outfile принадлежат пользователю mysql, шелл выполняется под пользователем апача, поэтому из веб-шелла их не удалить. Я поэтому и спрашиваю, может можно как-то саими мускулем это сделать, потому что перезаписать эти файлы с начинкой нельзя, команд для удаления в mysql тоже вроде нету.