Да! Уже понял, что selinux или apparmor (особенно учитывая что ось убунта). Имеющиеся php-файлы редактировать не могу. Полный запрет на запись php файлов при наличии прав на запись. Перловые скрипты не выполняются. Питон еще конечно попробую, но крайне мало вероятно.