Файл не записывается даже руками? Если обратится к нему через веб то файл не существует? Когда файлы вручную читаете то хексовое имя используете load_file(0x2f6574632f706173737764)? С таким в общем-то никогда не сталкивался, поэтому не знаю что сказать. Нужно проверить чтобы дира действительна была доступна на запись. Бывает еще что из-за настроек безопасности типа apparmor mysqld запрещено писать в каталоги кроме разрешенных (типа /var/tmp) и директория вроде бы доступна на запись, но файл там базой создать нельзя. Поэтому такая инъекция годится либо того чтобы из базы добыть логин:хеш и в админку заиметь доступ, либо в паре с каким-нибудь LFI.