эм

bezlishke@kali:~/Downloads$ bundle install

Could not locate Gemfile or .bundle/ directory

как бы намекает, запускай оттуда где лежит метасплоит

---------

which msfrpcd покажет где он лежит

скорее всего у тебя в Download лежит своя копия msf, а запускаешь ты дефолтный который в кали идет

либо я хз что ты делаешь в дире Download)