↑
эм
bezlishke@kali:~/Downloads$ bundle install
Could not locate Gemfile or .bundle/ directory
как бы намекает, запускай оттуда где лежит метасплоит
---------
which msfrpcd покажет где он лежит
скорее всего у тебя в Download лежит своя копия msf, а запускаешь ты дефолтный который в кали идет
либо я хз что ты делаешь в дире Download)