Ты не понял примера. Там запуск идет не через shellexecute, а через createprocess, что, кстати, более красиво, но суть не в том.
CreateProcess, если запуск прошел удачно, вернет тебе ThreadId, ProcessId, hThread, hProcess созданного процесса. Дальше можно смело орудовать этими значениями (конечно, стоит их гдето сохранить). Потом вызовешь TerminateProcess(pi.hProcess, 0) и все.

Кстати, а каким боком вопрос относится к дельфи? Тему разделяю.. автору -