в nikto удручает невозможность нормально указать свою кастомную строку для матчинга кода 404, когда на сайте используются кастомные 404 страницы, в результате чего имеем кучу false positive

если хочеш пустить на socks тора то поставь privoxy а в его конфиге пропиши форвардить весь входящий трафик на порт тора(или на любой другой socks прокси)

в результате указываеш nikto http проксю privoxy - 127.0.0.1:8118, он будет пускать все запросы в него а privoxy в свою очередь будет форвардить на торовский 127.0.0.1:9050

аналоги nikto есть но насколько я помню они тоже http proxy only

в качестве другого варианта можно попробовать tsocks