Nikto же вроде перловый скрипт?

Прикрутить поддержку соксов ничего не стоит. Есть специальные модули для этого.

Например:

"IO::Socket::Socks::Wrapper - Add SOCKS support for any perl object / package / program"

Вся доработка займет несколько строк. Просто добавите модуль и укажете что заворачивать в сокс.