Странная тема. Если такая проблема с заливкой exe, то как автор собирается забросить и запустить лоадер?! С другой стороны, если уже лоадер запущен и фаервол проверяет расширения то можно просто заливать exe с другими расширениями и переименовывать в ехе перед запуском. Если идет проверка тела файла на предмет его исполняемости, то заливать заархивированный ехе (можно под паролем) с последующей распаковкой и запуском или скачивать dll и подгружать её. Вариантов хватает.