Если есть доступ к юзерскому аккаунту под которым работают пхп-скрипты то можно попробовать порутать сам сервак. И в случае успеха восстановление из бэкапа уже не поможет)

[UPD]

Чёт я не заметил что рутовый доступ итак есть. Ну если он есть то вообще не вижу никаких проблем.