Я лишь высказываю свое мнение
Файл хранящий пароли я нашел чисто опытным путем. Директоря же repair, как мне кажется содержит просто архивную копию sam файла. Это легко понять, если просто сравнить дату изменения repair\sam и system32\config\sam. Последний всегда имеет более позднее время изменения. А repair\sam , у меня лично, вообще имеет дату , совпадающую с датой установки винды.

Что касается програмки lc3, то она не расшифровывает пароли, а подбирает их (самым обычным брут форсом).