Протокол Skype — проприетарный и недокументированный, код программы закрыт. Никто не знает в точности, каким образом шифруются коммуникации, насколько надёжное применяется шифрование, какие у него ограничения. Программа Skype остаётся неким «чёрным ящиком». Остуствуют программные интерфейсы (API), чтобы добавить своё шифрование и использовать его в сети Skype.