Ну и конечно вопрос еще в другом. Нашел файлы *php.bak

За все время администрирования сайтов не встречал скриптов или программ, которые создавали резервные копии с расширением bak

Наверняка там лежит что-то еще из разряда резервных копий, но совершенно непонятно какой скрипт или программа создает их