Ты знаешь.. я почти на 100% уверен, что:
1. создаем текстовик
2. записываем туда 1 или несколько md5-хэшей
3. запускаем прогу с параметром таким...
если текстовик у нас называется c.txt, то
X:\> md5.pl c.txt
У меня лично работает.
Можно также перед именем текстовика указать дополнительные параметры вроде хеширования только цифровых/буквенных/символьных значений и т.п.