там есть файлы типа .htaccess? в предыдущих дирах? посмотри внимательнее в них.
как насчет модификации уже существующих файлов?

Например, у меня прокатывал такой вариант:
самописная ЦМС инклудила файл конфига. я его скопировал с именем config_.php
затем config.php с правильными правами на исполнение переименовал в другое имя и переписал. переименовав config_.php в оригинальный. инклудился он нормально, но вот уже не исполнялся так же как новосозданные файлы
Кста, кто знает, что там за система была заюзана?