1. Навесить протектор, который тяжело снять / виртуализовать некоторые участки кода чтобы сам черт не разобрался что этот код делает.

2. Обеспечить шифрование протокола передачи данных чтобы тот же самый черт не смог понять что передается.

Обратная инженерия такого поделия затруднена, поделие не мигает окошками и никак особо себя не проявляет. Соответственно перед реверсером встает печальная перспектива угрохать неделю на расшифровку (а внутри окажется калькулятор обычный) - или положить болт (что он с высокой вероятностью и сделает).