Не сведущ в данном вопросе, поэтому пишу в песочницу.

Бывают ли такие "чудо-файлы", которые могут потушить работу сайта?

Шеллы, бекдоры - это понятно, способы проникновения. И имею ввиду, чтоб заселить засранца и он через какое-то время парализовал работу CMS.

Ну или его обнаружил поисковик и блокирнул на не определённое время в выдаче.

Или это я фантастики насмотрелся?