Оригинальный код PoC "Blue Pill Project" был написан Джаной Рутковской во время работы на COSEINC и был представлен на собрании Black Hats 2006 в Лас-Вегасе 3 августа. Джоана создала небольшой коллектив внутри COSEINC - Advanced Malware Labs, разработки которого были направлены на "виртуализированные" malware (O_O).
Однако, после пары месяцев работы над проектом, их интересы поменялись и проект был закрыт.

В апреле 2007 Джоана решила покинуть COSEINC и создать её собственную новую фирму - Invisible Things Lab. В Мае 2007 Александр Терешкин, в прошлом член COSEINC AML, присоединился к ITL в роли главного исследователя. Джоана и Александр решили вместе сделать новый Blue Pill руткит, для последующих исследований и использования его в целях образования. Большая часть кода нового Blue Pill была написана Александром Терешкиным.

Новый Blue Pill отличался от своего предшественника не только набором функций, но и базовой архитектурой (HVM подобный, система схожа с той, что используется в XEN 3).