Вообщем выяснил, что в билдах сервера стоит проверка контрольной суммы троя. Соответсвенно криптовать бесполезно. Нада снимать проверку контрольной суммы.
Еще вариант, в конфигураторе есть возможность создавать троя в виде Shellcode, наверно потом можно как нибудь превратить это shellcode в .ехе.