Здравствуйте, это стандартная практика - разграничение прав доступа. Для каждого сайта на сервере создан свой юзер с правами на своё дерево директорий.

Я вообще удивлен что вы увидели директории других сайтов. Единственный выход который я знаю - повышение привилегий, рут на сервере. Для этого нужны соответсвующие эксплоиты, сам по себе шелл привелегии не повысит.