Если у вас есть PowerShell, то попробуйте совет отсюда (только, видимо, здесь нужно будет перенаправить вывод в файл):

https://superuser.com/questions/1316317/is-there-a-windows-equivalent-to-the-unix-uniq

Если только cmd, то возьмите скрипт отсюда:

https://stackoverflow.com/questions...ands-how-do-i-take-a-file-and-only-keep-uniqu