У тебя должен быть AllowOverride Options в конфиге апача, чтобы использовать директиву Options в .htaccess - проверь. А чтобы использовать AddHandler у тебя помимо AllowOverride Options должно ещё быть AllowOverride FileInfo в конфиге апача. Ну и конечно же нужно добавить строчку SetHandler cgi-script.

З.Ы Меня пучит или у тебя не указана директория в <Directory ????>?