egrep -o "[0-9a-f]{32}" 1.txt > md5.txt

хотя если будут попадаться длиннее 32 - не пойдет

может как-то так (даже если несколько в строке):

cat 1.txt | egrep -o "(^|[^0-9a-f])[0-9a-f]{32}([^0-9a-f]|$)" | sed -r 's/^[^0-9a-f]*//;s/[^0-9a-f]*$//' > md5.txt