#!/usr/bin/perl -w

use strict;
# use File::Copy;  ## это не нужно

my $num=0;
my $dir="/path/to/dir/";

opendir(DIR, $dir) or die $!;
my @files=readdir(DIR);

foreach my $file (@files) {

# $_ =~ m/([a-zA-Z])\d+?/g;  # <= вот сдесь у меня проблема!  ## про регексп я написал, исходя из того, что в дире с файлами, которые надо переименовать, могут находиться те, которые переименовывать не надо.. если это не так, то можно и без регулярного выражения обойтись.. но, допустим, файлы, которые надо переименовывать оканчиваются на 'JPG' (как у тебя написано), тогда мы переименовываем, проверяя на это:

rename $dir.$file, $dir.++$num.'.jpg' if $file =~ /JPG/;  ## ну понятное дело ренейму надо знать в какой дире файлы эти лежат )
}
closedir(DIR);