Подводя итоги.
Есть несколько возможностей "отклеить" файл.
1) с помощью hex-редактора вручную отделить тело программы 1 от тела программы 2. Этот метод сложен в реализации и для каждого джоинера будет своим.
2) запустить склеенную версию в виртуальной машине или песочнице, и по различным временным слепкам определить созданные файлы. Метод просто, но требует наличия виртуальной машины с вышеназванными функциями (VirtualPC, например) и установленной в ней ОС.
3) На основе алгоритма склеивания (т.е. наличия исходников клея) написать свой "отдиратель". Метод требует исходников и наличия опыта в написании соответствующего софта.

__________________

..когда же кто-нибудь выпустит MD5(Unix) брутер на GPU.... жду....