Vallez, обрати внимание на буквы "Permission denied in ...". Это как раз и означает, что прав не хватает. Веб-шелл выполняется и имеет в системе права веб-сервера... Видно, что у скула более привелигерованный аккаунт. Ты можешь определить из под какого аккаунта запущен апач?