Задумка хорошая мне тоже понравилась, но если в руках а хакера оказалсо пароль от админки к примеру, то она становится бесполезной, я бы предложил как экспериментальную идею - при алерте менять админский пароль и высылать его по почте. проблема в том, что такое дополнение делать придется под конкретный сайт.
Я надеюс твой проект проверяет себя на изменение? Если да, то контрольную сумму своих файлов он хранит в общей базе со всем "слепком" дерева файлов?

З.Ы. не сочтите за паранойю...