Во-первых почему я сделал модуль компилятора отдельно? Что бы его можно удалить когда снимок файлового древа был сделан. Я к примеру нечасто изменяю/закачиваю файлы на сервер, во сновном у меня обновляется бд так-как у меня почти все проекты на бд строятся.

Во-вторых из модуля IC_Scanner_manual нельзя НИ изменить пароль, ни удалить результаты сканирований (это можно лишь сделать "хирургически" удалив из БД) это значит что посторонее лицо несможет нанести урон. Кроме того из модуля IC_Scanner_manual нельзя узнать структуру файлового древа ибо после сканирования он выводит только подозрительные файлы.

Да, он хранит контрольную сумму и дату/время последнего изменения всех абосолютно файлов включая свою и других модулей системы. Хранит в базе с остальными файлами