Пожалуй, посоветую от себя. Если использовать классику:
сканер портов - nmap
сканер безопасности - nessus
сканер web-уязвимостей - nikto

Если хочется универсальности - netwox. Статью о нём от меня можно найти в разделе "наши статьи".
Если хочется получить продвинутый конструктор - то вам за scapy, утилитой для интерактивной манипуляции пакетами.

По поводу поиска и определения версий сетевых приложений:
Если хочется передовой мысли, то сканер fingerprint'ов - thc-amap
Если хочется скрытности - то пассивный сканер p0f.
Всё это и многое другое можно найти на packetstormsecurity.org.

__________________

..когда же кто-нибудь выпустит MD5(Unix) брутер на GPU.... жду....