Проверь поверхность диска прогой Mhdd, если время доступа в начале велико, пробуй переразметить диск заново и отформатировать. Вновь проверяй Mhdd, если не помогает, то имхо только замена диска, так как высокое время доступа (или не стабильность чтения) в области таблицы размещения файлов будет сильно тормозить работу диска, вплоить до отказа и зависания.

ЗЫ Ещё есть имхо спец. проги, позволяющиее принудительно пометить плохие участки диска (кластеры) как нечитаемые (bad block).

И распиши подробнее, какие диски IDE или SATA, если IDE, то как подключены? Например так:
Primary Master: HDD0
Primary Slave: CD-ROM
Secondary Master: HDD1
Secondary Slave:

И укажи с каким HDD проблема.