2000/xp:

TuneUp Utilities
комплексный твикер чистка реестра диска возможно по расписанию нескольким расписаниям и т.п
http://www.tune-up.com/

Tweak-XP Pro
тоже неплохая прога
http://www.download.com/3000-2086_4-10551016.html

XP Tweaker RE
очень полезная програмулина
http://xptweak.sourceforge.net/download.htm

System Mechanic Professional 7.1.12
Набор программ, позволяющих поддерживать компьютер в оптимальном состоянии - около двух десятков утилит на все случаи жизни, начиная от оптимизации реестра и очистки жесткого диска и заканчивая гарантированным удалением файлов и дефрагментацией файловой системы.
http://www.iolo.com/

Vista:

Vista Manager 1.2.5
Набор утилит для настройки и оптимизации операционной системы Windows Vista, обьедиенные единым интерфейсом.
http://www.yamicsoft.com/

TweakVI Basic Edition
Твикер (настройщик) операционной системы Windows Vista. Поддерживает особенности новой операционной системы для диагностики тонкой настройки не только самой системы, но и некоторых приложений, а также добавление плагинов, расширяющих возможности программы.
http://dl.totalidea.com/files/public/tweakvi-basic-sfx.exe