Impuls*,
функции пхп обьявлены в либах,(библиотеках) там заложены инструкции что и как делать, вообще высокоуровневые языки програмирования придуманы чтобы каждый мог програмировать не задумаваясь о выделении адреса в памяти для какой-то переменной, чтобы не парить мозг с типом хранимых данных (а пхп, в этом плане очень прост и там идет автоматическая конвертация данных) интерпритатор получая эти более "человеческие" инструкции выполняет их, тоесть от file() принимает параметр, например file($put) . $put для этой переменной был выделено в памяти адрес, по которому распологается путь к файлу. далее идет открытие файла, чтение его содержимого в память, разбивка по переносу, забивка по выделеным адресам значений, для пхп это будет "массив". ну а само название функции указывает что с параметром делать)