Добавлю кратко:
1. В pm3 две прошивки. Одна прошивка загрузчика (bootrom). Вторая - системы (fullimage). При исправном загрузчике можно перепрошить систему штатными командами pm3 с помощью нажатой кнопки.
2. У тебя горят все светодиоды. Это значит нарушена программная часть загрузчика. Устройство неработоспособно совсем.
3. Интерфейс JTAG работает с платой на самом низком физическом уровне. И с помощью него можно не только тестировать аппаратные проблемы железок, но даже иногда - прошивать их.
4. Мы счастливчики!!!!!! Ибо мы можем прошить загрузчик через JTAG
5. На НЕКОТОРЫХ чипах, используемых китайцами в клонах Proxmark3, возможность прошивки через JTAG заблокирована. Для разблокировки нужно читать мануал к чипу. Не проиксмарку, а чипу.
6. В моем случае на pm3 easy чип AT91SAM7S512 это решалось подачей питания на 55 пин.
7. После этого через JTAG заливаем и bootrom и fullimage и радуемся жизни.

Примечания
1. Bootrom.elf и fullimage.elf должны быть скомпилирвоаны на соответствующую версию софта, которую вы хотите использовать на ПК или телефоне.
2. Недопустимо комбинировать их при прошивке чере JTAG.
2.1 Некоторые (в т.ч. Айсман) советуют не трограть bootrom, если он свежий. Могу согласиться если вы прошиваете штатными командами. Проблемы могут быть, но встречаются реже чем ошибка прошивки самого загрузчика.
3. Недопустимо работать с прошивкой PM3 и другой версией софта на ПК. Как правило, это не работает или работает весьма криво.
4. Прошивка через JTAG при условии прямых рук работает всегда. Без "но".
5. Прошивка штатными средствами практически всегда приводит к проблемам. Но может и повезти.

В общем, дерзай. Все получится!
В первый раз это кажется огромной проблемой. Но дальше будет идти как по маслу.

Поверь, навык прошивки через jtag необходим при работе с проискмарк.

Ни одно устройство в мире не дает такого функиционала при работе с rfid. Тут огромное коммьюнити. Все, кто занимаются этой темой. Все новые атаки появляются именно на проиксмарк.
Все удобства появтляются именно на происмарк.
И как ни крути, придется периодически прошиваться.

Советую следить за прошивкой от rfidresearchgroup и вообще работать именно с ней.

RFID Research Group

RFID Research Group has 10 repositories available. Follow their code on GitHub.

github.com


Сравни ее с оригиналом. Посмотри разницу. Выбери что нравится с точки зрения функционала, стабильности и скорости работы.
Ну и периодически поглядывай changelog.