Ну во-первых я так понимаю речь идет не о джаве, а о javascript
Во-вторых нужно применять не window.parent.close(), а window.opener.close().
Но вот закрыть opener без выдачи на экран окошка предупреждения нельзя. По кр.мере этого нельзя сделать в IE6.