Поставить NTFS на флешку можно, но возможны траблы в последствии. Как то: не форматируется или еще хуже. У Корсара вроде есть флешки, которые работают с Ntfs без проблем, но это не точная инфа...

Можно поизвращаться с программами, которые паролируют разделы флешки