>>есть файл /usr/sbin/suexec с атрибутами root/apache -r-s--x---
>>по идее Суекзек позволятет запустить скрипт с правами рута. Пробовал, но толком
>>ничего не вышло, есть ли в этом смысл ?

обычно он используется наоборот для понижения прав функциями setuid и setgid. а зачем тебе вообще запускать скрипт от рута? если есть такая необходимость посмотри еще раз httpd.conf с директивой virtualhosts для этого сайта, там должен быть указан user как рут и группа соответствующая супер-пользователю.