ну так почитать сначала про suexec нужно было. пропиши в директиву
..
User username
Group groupname
...
необходимые id для setuid, setgid возьмутся из /etc/passwd а по дефолту, видимо, права до пользователя апача падают.

>>Не спорю, но при неправильном конфигурировании это может вызвать серьезные проблемы в безопасности,

я и написал, что запускать от рута не стоит.