Дело не только в адресации.
Во-первых в NTFS есть защита файлов (например админ/юзер), а в FAT никогда её не было. Во-вторых, мало иметь эту защиту, но и ОС должна её поддерживать, иначе смысла в ней нет. Поэтому если имеем флэш-накопитель для фотоаппарата, в целях экономии места лучше использовать простую FAT чем NTFS, т.к. защита на ЦФК не нужна в принципе. То-есть здесь вопрос в области применении самих накопителей.