>>Есть таблица в SQL, пользовательский скрипт устанавливает ожидание на
>>определённую запись в этой таблице, а когда другой скрипт изменяет эту запись, он
>>уведомляет тех, кто ожидает эту запись.

ну пусть пользовательский скрипт добавляет запись в отдельную таблицу `ocheredi` с указанием типа ожидаемой записи и rand_id, затем создает у себя файл rand_id с правами записи от пользователя apache (тут нужно уточнить рамки безопасности поставленной задачи) и синхронно read ожидает поступления новых байт. соответсвенно скрипт добавляющий очередную запись в таблицу проверяет одновременно `ocheredi` на наличие записей того же типа и пишет во все rand_id о поступлении новой записи, при этом удаляя обработанные записи.