была такая же проблема, терь если 2 системы загрузчик линукса не ставлю в MBR. Есть программа Boot-US под винду, она проверяет какие есть разделы на дисках, и позволяет создать свой загрузчик, ставишь какие системы загружать, сохраняешь, ребут и можешь работать в своих системах