1. Лучше пробовать не бить новый массив (из двух дисков) на primary и дополнительный, а залить образ целиком (на один основной раздел), т.е. 40->140. (затем можно будет Partition Magic сделать дополнительный раздел, уменьшив остновной)
2. Юзай fix boot, fix mbr, chkdsk.