Мы правильно тебя поняли?
1. FTP сервер запущен на Нетваре.
2. С MS-сегмента проблем нет, а с Novelовского есть.
А чё за проги используют твои БД по FTP и HTTP?
ФТП - годится только для хранения и передачи файлов, причем здесь БД?
ХТТП можно использовать для доступа к данным, но через какое-то серверное приложение. Ищи проблемы в нем.
А воще, попробуй новеловского клиента. Он прекрасно справится с доступом в обе части сети. Да и отключи IPX - он тебе явно не нужен при использовании ФТП и ХТТП, гемора с маршрутизацией до хрена на обоих сегментах - может ты именно в настройке маршрутизатора ошибаешься.