Трудно заочно чё-нить подсказать, хоть ты и дал пного информации. Надо могое проверить и попробывать. Врядли это вирус, потому как в др. сигменах его нет.
Ты попробуй порассуждать:
1. Перестает работать только ПО, использующее протоколы, основанные ТОЛЬКО на TCP/IP для доступа к соответствующим сервисам.
2. Это происходит ТОЛЬКО в сегменте, соединеном с основной сетью через МАРШРУТИЗАТОР NW.
Только этими 2-я условиями отличались сбойные рабочие станции от всех остальных. Про IPX пока можно забыть, - он по большому счету не причем, только вносит путаницу.
Таким образом можно сузить круг поиска. Думаю все дело в настройке модуля маршрутизации NW (или параметровTCP-IP протоколов на его сетевых картах). Возможно он неверно взаимодействует с другими маршрутизаторами, серверами DNS или NetBios. И в реестре раб. ст. ты ничего можешь не найти, потому что ошибка может в таблице маршрутизации этой станции или сервера NW. Поэтому после полного сноса поначалу все начинает работать (тем более, если ты изменил статический адрес или netbios-имя). Если станции настроены на получение адреса от DHCP, а следовательно и сведений о DNS и пр., и запущены эти сервера в других сегментах сети, то вероятность ошибки в настойке еще больше.
Возможны и другие причины, но я бы начал с этих. Подключи отказавшую рабочую станцию к майкрософтовскому сегменту и посмотри - работает ли там.