В старых версиях ядра Linux пакетный фильтр iptables был оформлен в виде модуля ядра, в новых он в него уже встроен. Если вы используете более-менее современный дистрибутив (точно ядра ветки 2.6), то он уже должен быть в ядре. Может быть вы пытаетесь настроить iptables с правами обычного пользователя? Попробуйте сделать это от имени суперпользователя.

Hint: Когда задаёте подобные вопросы, указывайте дистрибутив ОС и его версию. Зачастую это помогает быстрее дать качественные ответы.