Заходишь рутом: mysql -u root mysql
Задаёшь пасс на рута: UPDATE mysql.user SET Password = PASSWORD('some_password') WHERE User = 'root';
Если используешь аутентификацию со старывми паролями, тогда так: UPDATE mysql.user SET Password = OLD_PASSWORD('some_password') WHERE User = 'root';
Ну и не забудь про: FLUSH PRIVILEGES;

После этих махинаций пользователь обретёт долгожданный пароль...