Когда стартует FTP-демон (стартовым скриптом, например) - запускается основной процесс, который открывает 21 порт, ждёт подключений на этот порт, и производит авторизацию. Как только подключается новый пользователь, сервер запускает копию своего процесса (форк), которая будет работать только с этим пользователем. Когда пользователь завершает работу с сервером, и делает logout, этот процесс (дочерний - тот, который работал с пользователем) завершается, соответственно удалив перед этим все свои временные файлы. По всей видимости, дочерний процесс (тот, что работал с пользователем) аварийно завершился, не успев удалить временные файлы. Поэтому твои пользователи и висели в списке подключенных.