через что шелл залил?может ты залил шелл с другого сайта на хостере?
такое может быть ,когда сам сайт на хостере вроде и есть как папка, но находиться совсем в другом месте.
может он просто прикручен к НС данного хостера.
что-то ошибка ,та что ты привел, похожа на IIS, а ось на хостере linux,как я понял?

попробуй другой шелл залить - в base64,без base64,и с другими расширениями,как сказал Spyder.и права выставь 755 и chmod -x попробуй.