Иногда видел, что скрипты админки для заливки файлов используют фтп соединения (буквально вчера видел), так вот в таких скриптах (или в конфигах админки) пароль от фтп в чистом виде, например в phpBB видел чтоб для заливки темплейтов или чего то там еще нужно было вводить пароль от фтп в веб форму, и соответственно этот пароль в конфиге сохранялся (например форум Divx.it), но совсем не факт что это будет в твоем случае, тогда архивируй файлы как тебе сказали выше