1.винты одинаковые?
2. если да, то нет ли бэдблоков на каждом? (надо проверить поверхность)
3. Форматнуть надо том (полное форматирование после объединения в Raid)
P.S. Аппаратный Raid (в твоём случае) и программный в винде - это разные весщи... Найди на сайте производителя материнки дрова для раид, а так же скачай свежую прошивку биос для матери, обнови прошивку, скорее всего в ней проблема...